Para a maioria dos procedimentos odontológicos não é necessário a profilaxia antibiótica, contudo, em procedimentos odontológicos invasivos, o risco do desenvolvimento de uma infecção é bastante elevado. Por isso, é importante realizar a profilaxia antibiótica no pré-operatório ou até mesmo estender a antibioticoterapia para o pós-operatório.
Profilaxia antibiótica é a prevenção do desenvolvimento de uma infecção pela administração de agentes antimicrobianos. A utilização de antibióticos profiláticos para se "prevenir" endocardite bacteriana após tratamento odontológico é constantemente revisada e avaliada sendo que novos conceitos surgem a seu respeito. A profilaxia em pacientes de risco em desenvolver a endocardite bacteriana se faz necessária em alguns casos. Uma boa anamnese deve estar pari-passu com o profissional que deseja atender pacientes com o risco desta patologia.
As drogas escolhidas para a profilaxia antes do tratamento odontológico devem ser dirigidas aos microorganismos mais comumente encontrados na cavidade oral, sendo contra-indicada uma administração em períodos prolongados, antes de cirurgias, evitando o aparecimento de resistência ao microorganismo.
Deve-se ter em mente que é responsabilidade do Cirurgião Dentista o conhecimento das recomendações e limitação do guia AHA (American Heart Association), e este deve estar sempre atualizado em relação às mudanças periódicas no protocolo que são desenvolvidas a partir do avanço do processo de aprendizado sobre as causas e a fisiopatologia da endocardite bacteriana.

No caso de pacientes imunodeprimidos ou com supressão de adrenal pelo uso continuado de corticoterapia deve-se levar em consideração o estado geral de saúde do paciente.

Dentre os procedimentos odontológicos nos quais se recomenda a profilaxia antimicrobiana citam-se: exodontias, procedimentos periodontais como cirurgia, raspagem, polimento e alisamento radicular, colocação de implantes e reimplantes dentais, instrumentação endodôntica ou cirurgia parendodôntica,colocação de fibras, tiras, matriz, bandas ortodônticas e preparo para próteses subgengivais, anestesia intraligamentar e profilaxia em dentes ou implantes com sangramento espontâneo.

Procedimentos como restaurações com ou sem fio retrator, anestesias (exceto intraligamentar), obturação endodôntica, colocação de pinos intra-canais, colocação de dique de borracha, remoção de sutura, instalação e remoção de próteses, moldagens, registros intermaxilares, fluorterapia, tomadas radiográficas e ajustes ortodônticos não requerem a terapêutica antimicrobiana.