A incidência das manchas nos instrumentais se deve a diferentes causas.
Como causas mais frequentes temos o contato prolongado com soluções químicas, resíduos orgânicos e outras secreções.
Outras causas:
- muito tempo entre a utilização do instrumental e o início do processo de limpeza;
- a utilização de detergentes agressivos e que danificam o aço inoxidável, a permanência prolongada em soluções desincrostantes ou esterilizantes;
- a lavagem manual ou ultrassônica insuficiente;
- a presença de metais e minerais contidos na água;
- instrumentos secos "ao natural”;
- má qualidade da água tanto no processo de limpeza quanto no processo de esterilização (vapor das autoclaves);
- a esterilização de materiais cromados com materiais inoxidáveis numa mesma operação.

Os pontos de corrosão (“Pitting”) são as mais frequentes e progridem rapidamente causando em pouco tempo a deterioração total do instrumento. São provocados normalmente por íons halógenos que atuam na superfície do instrumento.

Eles são provenientes de soluções salinas, cloretos, iodo e também de resíduos orgânicos, secreções ou ainda de detergentes, desincrostantes ou soluções desinfetantes sujas.

Se o contato direto dos instrumentos com as soluções halógenas for inevitável, deve-se providenciar a imediata lavagem dos mesmos, assim, como mantê-los articulados (pinças, porta-agulhas, etc). Mantenha-os sempre abertos no processo de lavagem e esterilização.

Os detergentes iônicos ou sabões iônicos (desincrostantes, derivados da amônia quaternária), são mais potentes por possuir muitos íons livres. Mas em contrapartida, acabam reagindo de forma inespecífica com outras substâncias compostas por matéria orgânica ou inorgânica.

Inicialmente, a ação destes detergentes sobre o instrumental é microscópica, mas com o uso rotineiro e após um breve período, os danos aparecem.

Os detergentes enzimáticos agem na etapa da limpeza completa dos materiais e removem detritos e sujidades, especialmente matéria orgânica, tendo como consequência a diminuição de grande parte dos microorganismos presentes em qualquer objeto.

Encontramos no mercado produtos de qualidade que auxiliam na recuperação dos instrumentais aumentando sua vida útil. Esses produtos atuam como removedores de oxidação e são específicos para a remoção de crostas, manchas e podem ser associados a um lubrificante à base de leite mineral neutro para proporcionar maleabilidade durante o uso e prevenir a oxidação.

"Resíduos de matéria orgânica nos instrumentos e equipamentos podem esconder microorganismos causadores de infecção.”